El Herbario INEGI se fundó hace aproximadamente 35 años. A enero de 2015, la colección está conformada por 42,800 ejemplares botánicos, procesados, identificados y organizados por familias taxonómicas. Esta muestras proceden principalmente de la colecta realizada por los especialistas que elaboran la Cartografía de Uso del Suelo y Vegetación, colectas del personal del Departamento de Botánica, intercambio con Herbarios de otras instituciones académicas y de investigación y colectas del Inventario Nacional Forestal.

Los ejemplares están debidamente conservados y organizados, acompañados de una etiqueta en la cual se presenta información relativa a la taxonomía de la planta, la ubicación por coordenadas del punto donde fue colectado el ejemplar, la localidad, municipio y entidad, las característica ecológicas de este punto, características de la planta, información sobre su uso, etc., Esta información está integrada en la Base de Datos del Herbario INEGI.